| 江戸の宗教政策 |
作中には宗教がらみの話は出てこないのが、寺請制度は戸籍と同様の性格を持つため簡単に解説する。
宗教者は寺社奉行の管轄になる。キリスト教を取り締まるために始まった寺請制度により、全ての人がどこかの寺の檀家であるという制度上の建前から、全ての人が仏教徒である。しかしながら、日光東照宮で徳川家康が神として祭られているように仏教以外の宗教も許されていた。
禁止された宗教は幕府に批判的で反体制と認定されたキリスト教など一部の宗教に限られる。宗派の違いが原因で起こった宗教戦争や他宗教への迫害、魔女裁判などが行われていた同時代の欧州に比べはるかに信仰の自由があった。
幕府は全ての宗教団体を組織化し、統制しようという強い姿勢もなかった。
明治維新までは神道と仏教という明確な宗教の区分がなく、神仏習合という習慣があり、寺院と神社を兼ねている寺社も多い。例えば、作中では杉原秀の家の近くにある雉子の宮の別当は宝当寺である。同じ境内で神と仏の両方を祭っている寺社は珍しくなかった。
幕府は朱印地、藩は黒印地という寺社領を与え租税徴収権の特権を保証した。また、除地という租税を免除した土地もあった。不輸不入など世俗権力から守られていた。
◆仏教
○本寺制度
仏教寺院を本寺（本山）と末寺の階級制度を設け本寺を核としてた宗派組織を作り全ての寺院僧侶を把握し統制した。
○触頭制度
触頭は幕府、もしくは藩からの伝達を触下へ通達し、触下からの訴訟を寺社奉行や本寺・本所へ取り次ぐ役目を負う。触下間の利益調整や統制を行った。制度内容からして本寺が行ったと思われる。
○寺請制度
キリスト教徒ではないと証明する目的として発足し、全ての人はどこかの寺の檀家であるということを証明する寺請証文を檀家寺から発行させた。寛永１２年（1635）頃から開始され、２年後の島原の乱以降は全国に拡大された。
当初はキリスト教徒でないことを証明することに重点が置かれ、寛文年間（1661から1673）までは寺院以外に村役人が証明書を発行していたこともあったようだ。同年間に寺請証文は「宗門改帳」として村単位で記載し、後に人物単位で記載する「宗門人別改帳」になった。
これらが戸籍制度に組み込まれ、婚姻や出産死亡など戸籍に変更がある場合は「宗門人別改帳」と寺請証文を書き換える。転居の場合は、転居先の役人宛に送る「送一札」だけでなく、檀家寺が檀家の転居先にある寺院に送る「寺送状」により、檀家は転居先の寺院の檀家になる。
◆神道
○神社・神職の統制
社頭、社領、社地といった宗教施設と宗教者の把握と組織化を行った。仏教同様に触頭制度に組み込んだ。諸社禰宜神主法度（神社条目）を遵守することを条件に朱印状などを発行した。
法度の内容は５条で構成され、装束に関することや位階という制度上の内容もあるが、神道に励み神社の掃除や修理をすることや社領の売買・質入の禁止」など極めて常識の範囲内である。
幕府は神祓官領長の吉田家に神職の装束認可権を与えたが、特定の執奏家がある神社は他の家に頼むことが認められていた。装束の許可申請に多額の費用がかかり絶対必要なことではないこともあり執奏家自体を不要とする神社もあった。幕府は吉田家の一元的神職統制よりも神社神職を組織化し把握できればいいという考え方のようだ。
◆儒教
幕府の官学だけに儒学は幕府に保護されているが、孔子廟で孔子が祭られていることから儒教は宗教か思想のどちらなのか区別しにくい。
◆民間宗教者
陰陽道や神事舞太夫、夷職など民間の宗教者は特定の宗教施設を持たず檀家場を廻り歩き、祈祷や御祓い芸能を行い初穂料を得ていた。幕府は各民間宗教者の本所を設けその職分を保障する免許状を発行させることで民間宗教者を把握した。本所には管轄する民間宗教者からの様々な礼金が支払われる。公家や大寺院を本所と定めることで彼らを経済的に助けようという意味合いを持つ。
しかし、民間宗教者は習慣的に差別されて、人別帳が別にされたりするなど差別を受けた。差別はされたが幕府に公認されていたことになる。民間宗教は明治政府の祭祀一致政策や風俗統制政策により否定され姿を消した。
◆幕府により禁止されていた宗教
○キリスト教
キリスト教が既存宗教を否定し、キリシタン大名の中には領内の他宗の信仰を禁止し、領内の寺社を破壊するなど排他的な行為があった。豊臣秀吉はキリスト教の教義を否定するのではなく、キリスト教徒が織田信長など多くの大名を苦しめた一向宗のような宗教勢力として台頭することを怖れ、禁止したようである。
幕府は当初放任していたが、旧教徒国が布教を名目に各地を回り、国内の調査やキリシタン大名や幕府にやむなく随っている大名を扇動し内乱を起こさせることを怖れた。
慶長１７年（1612）に幕府直轄領にキリスト教の禁令を出し、翌年には全国に拡大させ、宣教徒を追放し信者に改宗を命じた。徐々に全国規模でキリスト教徒への迫害が広がり元和８年（1622）に信徒５５名を処刑し、翌年にはイギリス商館を閉鎖し、翌々年にはスペイン船の渡航を禁じた。
寛永１４年（1637）のキリシタンや浪人らによる島原の乱が起こり、幕府は鎮圧に苦労する。寛永１６年（1639）には島原の乱を扇動したとされるポルトガル船の来航を禁じた。島原の乱以降は禁教政策が強化され、五人組制度や踏絵を実施し密告を奨励した。寺請制度で全ての人をどこかの寺の檀家にし宗門改めを行った。
純粋な布教目的で来た宣教師もいたはずだが、幕府にとって宣教師の名を借りた欧州の諜報員と感じたようだ。大型船の造船を禁止し、日本各地から補給なしで海路からの江戸攻撃を不可能にする一方で、陸路からの攻撃を防ぐ目的で大井川に敢えて橋を架けず、幕府に無断で血縁関係を結び大名家同士が結束し、幕府に叛旗を翻すことを警戒するなど幕府は防衛に関しては些細な不安要素でも取り除く細心な姿勢だけにキリスト教禁止は幕府にとっては当然のことだった。
○不受不布施派
日蓮宗の一派。日蓮宗の信徒以外からは布施を一切受け取らず、施しもしないという考え方。相手が将軍であろうが信徒でなければ経済的支援を断るという政治権力を否定する排他的な教義が幕府の意に沿わないとして、幕府から弾圧を受けた。
同派の京都妙覚寺日奥は文禄４年（1595）に豊臣秀吉が営む法要への出仕の命を断り寺を退去し、慶長４年（1599）に徳川家康は日奥と受布施派を対論させ日奥の負けとし対馬へ流罪、寛永７年（1630）に不受不布施派と受布施派を対論させ、不受不布施派を邪道とし、寺請制度から外し非合法組織となった。
同派は表向きは受布施派に改宗したが、内信など密かに信仰が続けられ、明治政府により公認された。他の幕府公認の宗教が緩やかながら幕府の統制化に置かれている中で、権力者を否定した同派を幕府は許さなかった。